Sinopsis

En el año 1999, una isla nueva y desconocida aparece cerca de las costas de Japón emergiendo desde el fondo del oceano, 
dos alumnos universitarios, Minaka Hiroto y Sahashi Takami investigan la isla
y allí encuentran una nave que dentro contiene seres que más tarde serían bautizados como Sekireis.
 Año 2020, han pasado 21 años, Sahashi Minato ha reprobado el examen de ingreso a la universidad por segunda vez,
además no tiene mucha suerte con las mujeres;
pero un día, Minato sale de la estación del metro, y una chica llamada Musubi, una Sekirei, le cae del cielo.
Es entonces cuando su historia comienza en el "Plan Sekirei".